El Colegio Primera Junta fue creado el 1º de octubre de 1909. Se imauguró en la calle Georgestown 75 (actual José Juan Biedma), bajo la dirección de don Angel Castagna. Se inició con 11 alumnos. Al año siguiente la inscripción llegó a ser de 350 alumnos.
1913: se traslada a Rivadavia 5245, casa que había sido propiedad de don David Spinetto. La inscripción fue de 477 alumnos.
1925: Siendo Director el Sr. Tulio Colón, se le impone el nombre de Primera Junta, hasta ese momento se la identificaba como Escuela Nº 7 Consejo Escolar XI.
1940: se agrega para el funcionamiento de la escuela otra casa, con entrada por Yerbal 655.
1957: la escuela pasa a ser la Nº 3 Consejo Escolar VII, como hasta la actualidad.
1964: Dada la antigüedad del edificio, se lleva a cabo la reparación y remodelación de aulas y patios. La Asociación Cooperadora construye dos aulas destinadas a Jardín de Infantes.
1983: La escuela se traslada a su tercera sede donde se encuentra actualmente. El 7 de abril se inaugura el nuevo edificio en Rivadavia 4817, frente al Parque Rivadavia y junto a la Parroquia de Caacupé. El acto es presidido por el Intendente Dr. Guillermo del Cioppo, también estuvo presente el Cardenal Primado de Argentina, Monseñor Juan Carlos Aramburu.
1984: la escuela cumple 75 años. Ese año se suscita un importante conflicto, dado que el parque circundante a la escuela es declarado, por el Concejo Deliberante, paseo público.
1993: ante la insistencia de la escuela, el espacio verde pasa a pertenecer a la Secretaría de Educación, dejando de ser espacio público. La Ordenanza es de agosto de 1993 y lleva el Nro.46901.
2009: la escuela cumple su centenario. Mantiene un número elevado de alumnos, siendo en la actualidad una de las escuelas públicas más requeridas para la matriculación.
Antiguamente, cuando Caballito era zona de quintas, este solar pertenecía a la familia Wanklin. Fue también residencia del ministro francés conde Amelot de Chaillou y en esa quinta pasaba sus vacaciones el presidente Julio Argentino Roca.
En el año 1883 esta antigua casona de arquitectura rioplatense, de una sola planta, con 16 habitaciones y corredores amplios, fue adquirida por la orden de la Santa Unión de los Sagrados Corazones para su nuevo convento y escuela. Más adelante agregarían un piso a la casa, y en el año 1908 se construye la capilla (actualmente es la parroquia Nuestra Señora de Caacupé).
El colegio mantiene hoy, como parte de su patrimonio histórico y arquitectónico, un sector de esa antigua construcción, en perfecto estado de conservación.