El primer tramo de la línea A se inauguró el 1 de diciembre de 1913, convirtiéndose la primera línea de subterráneo que se construyó en América Latina, y en todo el hemisferio sur. La red se extendió con rapidez ya que en abril de 1914 se inaugura un nuevo tramo hasta la estación Río de Janeiro y 14 de julio del mismo año el subte llega a Primera Junta.
La segunda línea, la B, sería inaugurada 16 años después, el 17 de octubre de 1930.
Las 14 estaciones originales de la línea A (Plaza de Mayo – Primera Junta) tienen recubiertas sus paredes por azulejos blancos y decoradas con frisos de distintos colores, que fueran colocados para facilitar su reconocimiento a los pasajeros analfabetos. Estas estaciones, junto con las de las líneas C, D y E, fueron declaradas Monumento Histórico Nacional en 1997 por constituir «verdaderos testimonios del espíritu cosmopolita y abierto de nuestra nacionalidad».
La obra de construcción del túnel de la Línea A fue realizada íntegramente «a cielo abierto» . En ella participaron 1.500 trabajadores y se excavaron 440.000 m3 de tierra que fueron utilizados para rellenar las zonas bajas de la ciudad, entre ellas el bajo Flores y Barracas. Se utilizaron 31 millones de ladrillos, 108.000 barricas de 170 Kg. de cemento, 13.000 toneladas de tirantes de hierro y 90.000 m2 de capa aisladora.
En diciembre de 2008 la línea incorporó dos nuevas estaciones: Puán y Carabobo. Cinco años después, en septiembre de 2013, el gobierno volvió a extender la línea con la puesta en funcionamiento de las estaciones Flores y San Pedrito.
Otro cambio relevante que tuvo el subte A fue que en 2013 se sacaron de funcionamiento los míticos coches de madera “La Brugeoise” y se renovó la flota con la puesta en funcionamiento de coches de origen chino.
Recientemente se acaban de incorporar nuevos coches a la formación con el objetivo de bajar la frecuencia.